新的實施條例在環境保護稅法的框架內，對稅收徵管等方面有關規定作了細化：一是明確了《環境保護稅稅目稅額表》所稱其他固體廢物的具體範圍；二是明確了「依法設立的城鄉污水集中處理場所」的範圍；三是明確了規模化養殖繳納環境保護稅的相關問題，規定依法對畜禽養殖廢棄物進行綜合利用和無害化處理的，不屬於直接向環境排放污染物，不繳納環境保護稅。與此同時，新的實施條例還進一步明確了稅務機關和環境保護主管部門在稅收徵管中的職責以及互相交送信息的範圍。

「作為我國首個明確以環境保護為目標的獨立型環境稅稅種，環境保護稅的重要意義正在於構建綠色財稅體制、調節排污者污染治理行為、建立綠色生產和消費體系等。」中國工程院王金南院士表示。

在中國政法大學財稅法研究中心施正文教授看來，環境保護稅法是中國提出落實稅收法定原則後通過的第一部稅法，對於健全稅收法律體系、提升稅收法律層級、建立現代稅收制度意義重大。環境保護稅定位於「保護和改善環境，減少污染物排放，推進生態文明建設」，是中國建設「綠色稅制」的代表性稅種。

「相對於『排污費』這一行政性收費，環境保護稅具有更加明確的法律基礎及權威性、強制性。環境保護稅納入地方財政統一收支，也會減少行政權力在環保問題上的尋租空間。同時，由於環境保護稅從排污費轉型而來，因此這種稅負平移不會顯著增加企業負擔。」中國社科院城市發展與環境研究所潘家華所長表示。

潘家華進一步指出，多排放必然多繳稅、少排放自然少繳稅。環境保護稅的開徵，將讓企業更認真地考慮排污成本，進而提高技術、主動轉型。

在落實層面，目前遼寧、安徽、福建、江西、甘肅、青海等地明確應稅大氣污染物和水污染物按最低限額徵收；浙江、湖南、廣東等地制定標準略高於環保稅法規定的最低稅額；京冀和周邊省份則普遍對大氣污染物和水污染物確定了較高的具體適用稅額。

值得注意的是，地方政府在執行時也十分注重稅收杠杆對企業行為的引導，儘量避免額外增加企業負擔。例如，河北省為減輕企業負擔，設立了兩檔減排稅收優惠政策：對納稅人排放污染物濃度值低於國家和地方規定標準30%的，減按75%徵收環境保護稅；低於50%的，按50%徵收；對改進生產工藝流程、採取環保措施的企業，可按照20%至100%的比例核減污染物排放量。

事實上，徵稅只是手段，促進經濟高質量發展才是目的。在粗放式發展模式下，污染行為因缺乏成本約束導致環境不斷惡化，因此才有必要將環境的外部成本內在化。開徵環境保護稅，目的就是要發揮稅收調節作用，使經濟步入與環境相協調的可持續發展軌道。

中國財稅法學研究會劉劍文會長表示，環境保護稅強化了節能減排的優惠標準和力度，將進一步鼓勵和倒逼企業改進設備工藝、提高環保投入，進而推進經濟效益與生態效益的協同增長，實現「百姓富」「生態美」的有機統一，其對中國未來的稅收立法亦具有示範和標杆作用。

「高污染高能耗企業或產品盲目擴張，會造成資源浪費、環境污染，降低宏觀經濟效益和生態效率。環境保護稅的落地，為廣大經濟主體樹立了綠色發展的約束及鼓勵機制。這一方面有助於強化‘誰污染、誰繳稅、少污染、少繳稅’的觀念，另一方面也會促進相關領域的生產技術出現革命性變化。因此，無論從短期、中期還是長期，環境保護稅代替排污費都將使環境保護機制更加規範有效，力促中國經濟優化升級，實現更高質量的發展。」潘家華表示。